O Mundo Azul, que simboliza razão, está sob constante ataque por criaturas chamadas Nightfly O-Note originários do Mundo Vermelho, que simboliza instinto. Asagi Akira, uma pesquisadora do Mundo Azul, é nomeada para liderar a guerra em Ryuukyuu LAG, uma unidade de defesa orgulhosa nas ilhas de Ishigaki e Iriomote. Ela conhece a sexta unidade de combate IS, que foi formada quatro anos depois da intensa batalha que aniquilou a quinta unidade. Akari deve liderar os seis riders, também chamados de Scared Rider Xechs, para lutar contra o outro mundo enquanto aprofunda sua relação com eles.
